Najvyšším orgánom Slovenskej komory architektov je Valné zhromaždenie. Právo zúčastniť sa na ňom majú všetci členovia Slovenskej komory architektov.

Medzi dvomi zasadnutiami najvyšším orgánom komory je Predstavenstvo Slovenskej komory architektov, ktoré má 11 členov.
Orgánom oprávneným udeľovať autorizácie architektom je 8 členná Autorizačná komisia. 
V rámci komory pracuje Disciplinárna komisia, ktorá má 5 členov. 
Predstavenstvo Slovenskej komory architektov pre svoje potreby zriadilo nasledovné výbory: 

Výbor pre súťaže a verejné obstarávanie
Výbor pre zahraničné vzťahy
Výbor pre mediálne vzťahy
Výbor pre krajinné plánovanie
Výbor pre celoživotné vzdelávanie